许多臣服于埃及的亚洲小王公受到了赫梯人的威胁，他们只能向远在非洲的法老本人求援，而埃赫阿吞一概置之不理。
埃赫阿吞改革使得埃及未曾关注对外战争，因而一些西亚附属地叙利亚和迦南（巴勒斯坦）开始独立，倒向赫梯。赫梯在国王苏皮鲁利乌玛一世的率领下，积极向叙利亚南部推进，逐步控制了南至大马士革的叙利亚大部分地区，甚至赫梯的势力进入过迦南。沉重打击了埃及在这一地区的既得利益。
苏皮鲁利乌玛一世宣称已经征服了从黎巴嫩山到幼发拉底河岸的广大领土。
而巴比伦仍然掌握在赫梯人传统的盟友加喜特人手中，这使用苏皮鲁乌玛一世成为已知世界权利最大的仲裁者（除了埃及和亚述）。
随着米坦尼内战的持续，米坦尼在亚述的影响逐渐减弱。
图什拉坦在与阿尔塔塔玛二世的斗争中渐渐居于劣势，其向传统的盟友埃及求援。
为了赢得埃及的支持，图什拉塔曾经将女儿塔图·荷帕Tadu-Hepa（或者名为塔图基帕Tadukhipa）送去埃及嫁给了埃赫阿吞。
但当时埃及的埃赫阿吞的统治即将结束，只一心在宗教改革上，根本无力也不想出兵干涉米坦尼的内政。
总之，在他统治期间埃及对亚洲的控制受到了严重削弱；很多学者认为一个全盛的埃及帝国的时代正是在这时结束了。
底比斯的僧侣仍然明里暗里结集，举行向阿蒙神的献祭活动。起初，各个城市的长官还严办违令者，但久禁不止之后也就索性睁一眼闭一眼，更关心的是中饱私囊了。老百姓受租税和服劳役的双重压迫，牢骚满腹。
新王国充满了危机，但埃赫阿吞却脱离现实，继续生活在他自己的理想境界当中。他自认为是阿吞神同人间联系的唯一使者，夫妇两人每日上午带着子女去神庙祷告、献祭，下午便呆在宫内玩乐。
埃赫阿吞酷爱颂歌和雕刻艺术，阿伊为首的一帮文人投其所好，创造出一首首吹捧阿吞和法老的诗，什么：“由于您的英明，到处都是一片祥和；”什么“您像阿吞一样圣明，人们只要遵照您的教导，就会过上幸福的生活。”每当他听到这些颂词时，便十分的高兴。
在他的鼓励之下。埃及的文学艺术开创了从未有的新局面：冲破陈规戒律、单调陈旧的模式，在雕刻、壁画和文学方面涌现出一批现实主义杰作，被称为“阿马尔奈风格”。其特点为取法自然，着重写实。
保存至今的埃赫阿吞统治时期的埃及艺术作品（壁画和雕塑）大多属于阿马尔奈风格，它们大量描绘了法老的家庭生活，而其中他的家庭成员尤其是内菲尔提提王后的形象显得非常突出。
阿马尔奈风格的艺术品多是描绘法老与王后的幸福生活为主题。
保存下来的艺术形象表现出法老有一副非常奇特的外貌：极其细长的四肢，突出的腹部和宽大的臀部。这带来了一些奇怪的观点，例如认为埃赫那吞实际上是一个化装成男人的女人，或是双性人，或者患有什么性别混乱的病症。这些猜测很少有什么实际依据。
这些艺术品描绘的王后奈费尔提蒂的形象出现了美丑两个极端，有时会夸张地表现在她的拉长的头部和突出的腹部。这是埃及历史上唯一一次法老的神圣家庭被以自然主义的风格表现出来，并且他的家庭明显显示出其乐融融的特点。奈费尔提蒂经常作出一些只有法老本人才会做的举动，这可能暗示她获得了超过一个王后通常所应拥有的权力。
那些仇恨埃赫阿吞宗教改革的阿蒙神庙的僧侣们，一直在找机会想刺杀埃赫阿吞。
一天，埃赫阿吞和老王后提伊同坐一车去阿吞庙祭神。他心情愉快，一路对母亲介绍街边的景物。突然马车停了下来，埃赫阿吞朝前看去，原来是一个人拦住了车队。卫士长上前询问，这个人说有冤状上告。埃赫阿吞让那青年到自己车边来，由宰相阿伊代他接收。
这个人跪行到国王所坐的马车轮下。阿伊则从马上俯身刚要去接状纸，说时迟那时快，这一青年一跃而起，从纸卷中抽出一把锋利的青铜短刀，向车上的法老胸部猛刺过去。“啊！”埃赫那吞本能地惊叫一声，又本能地向后闪去，老太后吓得当时就昏过去了。就在这千钧一发之际，车右侧的卫士横转过青铜矛，狠劲捅向刺客的后背。矛头破腔而入，刺客未及刺到法老便沉重地倒了下去，恰好压在法老的身上，那刀尖几乎碰到法老的鼻子。
国王遇刺的消息很快伟开，阿蒙神庙的僧侣们借机又放出风来说：“这是阿蒙神对法老的一次警告，假如他还要倒行逆施，就要受到更严厉的惩罚。”
一时间，埃及全国上下一片人心惶惶。王后奈费尔提蒂忧心仲仲劝埃赫那吞停止对信奉阿蒙神的僧侣的迫害，以缓和矛盾。不料，埃赫阿吞大发脾气，将王后斥责了一通。王后伤心极了，便带着孩子图坦卡吞回到了底比斯。
BC1368年，奈费尔提蒂改名斯蒙卡拉，在以阿伊为首的大臣的辅佐下，自任法老。并在那里组建了忠于她的政府，直到死后，夫妻二人也没有再见一面。
BC1367年，埃赫阿吞执政晚期，以埃赫塔吞城为中心，发生了一场大瘟疫，也许是世界上第一次大流感爆发。这场疾病从埃及扩散到整个中东，赫梯新王国国王苏庇路里乌玛一世病死，埃赫阿吞也因为瘟疫在众叛亲离中去世。而这场疾病也导致了埃赫塔吞这座城市的迅速衰落。
到死时，斯蒙卡拉未能宽恕他，没有出席他的葬礼，当然也可能是因为瘟疫的影响，不敢去。